La Scuola ha un Legale rappresentante, un consiglio di amministrazione e una coordinatrice delle attività educative e didattiche.
Il consiglio di Amministrazione è formato da sette componenti: il Presidente è il Monsignore pro-tempore della Basilica di Desio (attualmente Mons. Giovanni Attilio Cesena), due nominati dal Consiglio regionale (attualmente Pozzi Stelio e Commatteo Daniele), due nominati dal Consiglio comunale (attualmente Lovaglio Sonia e Zaggia Danilo) due nominati dal Presidente in carica (attualmente Tagliabue Monica e Colombo Giovanni).
