La Scuola ha un Legale rappresentante, un consiglio di amministrazione e una coordinatrice delle attività educative e didattiche.
Il consiglio di Amministrazione è formato da sette componenti: il Presidente è il Monsignore pro-tempore della Basilica di Desio (attualmente Monsignor Mauro Barlassina), due nominati dal Consiglio regionale, due nominati dal Consiglio comunale (attualmente Renato Malberti e Barbara Ghezzi) due nominati dal Presidente in carica (attualmente Monica Tagliabue e Marco Longoni).
